La Saga Malaussène
• Au bonheur des ogres (1985)
• La Fée Carabine (1987)
• La Petite Marchande de prose (1989)
• Monsieur Malaussène (1995)
• Des chrétiens et des maures (1996)
• Monsieur Malaussène au théâtre (1996)
• Aux fruits de la passion (1999)

Série Le Cas Malaussène
• Ils m'ont menti (2017)

Récit autobiographique
• Chagrin d'école (2007), Prix Renaudot

Romans-jeunesse
• Cabot-Caboche
• L'Œil du loup (1984)
• Kamo : L'agence Babel
• L'Évasion de Kamo
• Kamo et moi
• Kamo, l'idée du siècle

Autres :
• Les Enfants de Yalta (1978)
• Père Noël (1979)
• Messieurs les enfants (1997)
• Le Dictateur et le Hamac (2003)
• Merci (2004)
• Journal d'un corps (2012)
• Le Roman d'Ernest et Célestine (2012)

Essais
• Le Service militaire au service de qui ? (1973)
• Comme un roman (1992)
• Gardiens et Passeurs (2000)

Théâtre
• Monsieur Malaussène au théâtre, 1996
• Le 6e Continent, 2012
• Ancien malade des hôpitaux de Paris, 2012

Livres illustrés
• Les Grandes Vacances, (photographies) Daniel Pennac et Robert Doisneau (1991)
• La Vie de famille
• Le Sens de la Houppelande
• Vercors d'en haut : La réserve naturelle des hauts-plateaux
• Le Grand Rex (1980)
• Némo
• Écrire

Albums pour enfants
• Sahara
• Le Tour du ciel (sur Miró)
• Qu'est-ce que tu attends, Marie ? (sur Monet)