• L'Être du balbutiement: essai sur Sacher-Masoch, Mercure de France, 1969
• Alexandra de Lycophron, Mercure de France, 1971
• La Parole de la Délie : essai sur Maurice Scève, Mercure de France, 1974
• Michel Deguy, Seghers, 1975
• Écho, suivi de Épistolè Alexandroy, Le Collet de Buffle, 1975
• Sang, Orange Export Ltd, 1976
• Le Lecteur, éditions Gallimard, 1976
• Hiems, Orange Export Ltd, 1977
• Sarx, Maeght, 1977
• Les Mots de la terre, de la peur et du sol, Clivages, 1978
• Inter aerias fagos, Orange Export Ltd, 1979
• Sur le défaut de terre, Clivages, 1979
• Carus, Gallimard, 1979
• Le Secret du domaine, Éditions de l’Amitié, 1980
• Les Tablettes de buis d’Apronenia Avitia, Gallimard, 1984
• Petits traités, 3 tomes, Clivages, 1981-84
• Le Vœu de silence: essai sur Louis-René des Forêts, Fata Morgana, 1985
• Longin, Nouvelle Revue de Psychanalyse 32, 1985
• Une gêne technique à l'égard des fragments, Fata Morgana, 1986
• Le Salon du Wurtemberg, Gallimard, 1986
• La Leçon de musique, Hachette, 1987
• Les Escaliers de Chambord, Gallimard, 1989
• Petits traités, Tome I à VIII, avec des dessins d’Aki Kuroda, Maeght, 1990
• Albucius, POL, 1990
• Tous les matins du monde, Gallimard, 1991
• Georges de la Tour, Flohic, 1991
• La Frontière, livre album, Chandeigne, 1992
• Le Nom sur le bout de la langue, POL, 1993
• Le Sexe et l'Effroi, Gallimard, 1994
• L'Occupation américaine, Éditions du Seuil, 1994
• Les Septante, Patrice Trigano, 1994
• L'Amour conjugal, Patrice Trigano, 1994
• Rhétorique spéculative, Calmann-Lévy, 1995
• La Haine de la musique, Calmann-Lévy, 1996
• Vie secrète, Gallimard, 1998
• Pascal Quignard le solitaire, Flohic, 2001
• Terrasse à Rome, Gallimard, 2000, Grand Prix du roman de l'académie française
• Tondo, Flammarion, 2002

• Dernier Royaume :
- Les Ombres errantes, éditions Grasset, 2002 , Prix Goncourt
- Sur le jadis, Grasset, 2002
- Abîmes, Grasset, 2002
- Les Paradisiaques, Grasset, 2005
- Sordidissimes, Grasset, 2005
- La barque silencieuse, Le Seuil, 2009
- Les désarçonnés, Grasset, 2012
- Mourir de penser, Grasset, 2014

• Écrits de l'éphémère, Galilée, 2005
• Pour trouver les Enfers, Galilée, 2005
• Quartier de la Transportation, éditions du Rouergue, 2006
• Villa Amalia, Gallimard, 2006
• L'Enfant au visage couleur de la mort, Galilée, 2006
• Triomphe du temps, Galilée, 2006
• Ethelrude et Wolframm, Galilée, 2006
• Le Petit Cupidon, Galilée, 2006
• Requiem, Galilée, 2006
• La Nuit sexuelle, Flammarion, 2007
• Boutès, Galilée, 2008
• Lycophron et Zétès, Poésie/Gallimard, 2010
• Inter, éditions Argol, 2011
• Medea, Éditions Ritournelles, 2011
• Les solidarités mystérieuses, Gallimard, 2011
• Sur le désir de se jeter à l'eau, Presses Sorbonne Nouvelle, 2011
• L'Origine de la danse, Galilée, 2013
• Leçons de Solfège et de piano, Arléa, 2013
• La Suite des chats et des ânes, P.S.N., 2013
• Sur l’image qui manque à nos jours, Arléa, 2014
• Sur l'idée d'une communauté de solitaires, Arléa, 2015
• Critique du jugement, Galilée, 2015
• Princesse vieille reine, Galilée, 2015
• Vita e morte di Nitardo, Analogon, 2016